Początki działalności
Pierwsze seminarium duchowne archidiecezji gnieźnieńskiej powstało w Kaliszu z inicjatywy abp Stanisława Karnkowskiego w 1581 roku. Prymas Polski jednak na tym nie poprzestał i 26 marca 1591 roku wezwał opatów Arnolfa Uchańskiego z Sulejowa i Stanisława Kietlińskiego z Witowa na generalne posiedzenie kapituły gnieźnieńskiej, w charakterze doradców w sprawie diecezjalnego seminarium duchownego, myśląc o otwarciu seminarium w Gnieźnie. W 1597 roku arcybiskup Karnkowski przebywając w Gnieźnie z racji odbywającej się tu tzw. kapituły generalnej dostrzegł niedostatek ilości kleryków, którzy pomagaliby w archikatedrze i uświetniali swoją obecnością i służbą odprawiające się tu nabożeństwa. W związku z tym dnia 12 sierpnia 1598 roku powstał pierwszy akt fundacyjny, stanowiący niejako pierwszy krok na drodze realizacji pomysłu otwarcia seminarium duchownego w Gnieźnie. Arcybiskup przygotował wstępne uposażenie seminarium, następnie próbował je poszerzyć wcielając do niego bogate probostwo Kanoników Regularnych Grobu Chrystusowego w Gnieźnie. Aby pomysł ten zrealizować 26 lutego 1600 roku uzyskał zgodę królewską od króla Zygmunta III, który przychylając się do prośby arcybiskupa, pozwolił na włączenie dochodów prepozytury kanonicznej Grobu Chrystusowego w Gnieźnie na rzecz nowo założonego seminarium duchownego. Zamiar ten zniweczyły zabiegi zakonu w Rzymie. 22 października 1598 roku Arcybiskup Karnkowski przedstawia kapitule gnieźnieńskiej projekt przeniesienia seminarium kaliskiego do Gniezna. Ta przyjmuje to z uznaniem, lecz niestety brakuje dowodów czy kiedykolwiek zajęła się tą sprawą. Po czterech latach ponownie wrócono do realizacji projektu otwarcia seminarium duchownego w Gnieźnie, stąd 26 listopada 1602 roku w Łowiczu arcybiskup gnieźnieński Stanisław Karnkowski erygował i uposażył seminarium diecezjalne w Gnieźnie, co zostało przyjęte jako faktyczna data powstania gnieźnieńskiego seminarium duchownego.
Dekret erekcyjny podawał ramy organizacyjne seminarium jak i dokładniejsze zagadnienia gospodarcze. W myśl tegoż dekretu w całym seminarium miało kształcić się 12 wychowanków. Praktycznie całkowitą opiekę nad seminarium, w zastępstwie arcybiskupa gnieźnieńskiego miała sprawować kapituła katedralna, a kierownictwo samym zakładem spoczywało na księżach diecezjalnych i składało się z prefekta (kierownika) i dwóch profesorów. Sam dekret erekcyjny nie wystarczał jednak do otwarcia seminarium, należało zdobyć jeszcze zatwierdzenie króla polskiego i Stolicy Apostolskiej. Zgodę króla arcybiskup pragnął uzyskać na najbliższym sejmie (ten obradował w Krakowie od 4 lutego do 5 marca 1603 r.). Ponieważ jednak w roku 1603 arcybiskup poważnie zachorował, pismo kancelarii królewskiej przedstawił archidiakon Wincenty de Sevé. Pismo zatwierdzone przez Króla Zygmunta III Wazę 3 marca 1603 roku, zostało przedstawione Kapitule 23 kwietnia.
W październiku 1604 roku na piątym posiedzeniu jesiennej sesji Kapituły zapadła decyzja o zwrócenie się do Stolicy Apostolskiej w celu zatwierdzenia założenia seminarium. Udał się tam ówczesny prowizor – Wincenty de Sevé, który w 1605 powrócił do kraju z aktem zatwierdzenia Stolicy Apostolskiej. Do tego czasu kapituła na użytek seminarium zakupiła wsie leżące w okolicy Gniezna.
Czas trudnych doświadczeń
Dnia 28 kwietnia 1613 roku w Gnieźnie podczas jarmarku wybuchł pożar, który zasięgiem objął całe miasto. Ogień ogarnął także drewniany gmach seminaryjny, który uległ spaleniu. Klerycy w tym czasie mieszkali najpierw w wynajętym w mieście domu, potem na ul. Cierpięgi, a w końcu w domu ówczesnego prefekta Jakuba Dubiusa. W latach 1613-1620 Prymas Polski, arcybiskup Wawrzyniec Gembicki pragnąc sfinalizować sprawę odbudowy spalonego seminarium zwrócił uwagę na plac, zwany Rymanowskim, którego właścicielem byli wikariusze katedralni, a który według niego doskonale nadawał się na miejsce dla seminarium. Kapituła przyjęła ten pomysł, ale wikariusze nie chcieli przystać na taką propozycję. W końcu, pod warunkiem zamiany na folwark archidiakona gnieźnieńskiego, przychylili się do propozycji arcybiskupa.
Na mocy postanowień synodu diecezjalnego w Łowiczu w 1621 roku, zostało przeniesione kaliskie seminarium diecezjalne. Przyniosło to z jednej strony zwiększenie liczby alumnów, a z drugiej wzrost uposażenia.
W 1624 roku w Gnieźnie wybuchła zaraza, która na krótki czas przerwała normalny tok studiów. Profesorowie i klerycy przenieśli się do Niestronna, gdzie przebywali na czas zarazy, która ustała rok później. Od 1624 seminarium dotknęły również duże kłopoty finansowe. Wzrosły koszty utrzymania kleryków jak i zakładu, dochody były bardzo niskie, a rozchody z roku na rok coraz bardziej przekraczały wysokość uposażenia. Spowodowało to, że arcybiskup Jan Wężyk w 1637 roku wysunął propozycję przeniesienia seminarium gnieźnieńskiego do Kalisza. Kapituła jednak, nie zgadzała się z tym pomysłem i zwlekała z odpowiedzią na propozycję prymasa, który rok później zmarł. Począwszy od roku 1638 do pierwszej połowy XVII w. obserwowany był okres znaczącego rozwoju gnieźnieńskiego seminarium, stąd nie do końca wyjaśnione pozostają motywy arcybiskupa Łubieńskiego, który w 1644 r. przedstawił kolejną propozycję przeniesienia seminarium. Kapituła jednak stanowczo sprzeciwiła się temu pomysłowi.
Lata świetności seminarium przerwała w roku 1655 inwazja szwedzka. Doprowadziła ona do niemal całkowitego zniszczenia majątków seminaryjnych, na skutek zarówno samego przemarszu, jak i grabieży dokonanych przez wojsko. W 1661 roku kapituła stwierdziła, iż dochody wystarczają na utrzymanie zaledwie trzech kleryków. Wówczas w 1667 roku arcybiskup Mikołaj Jan Prażmowski wysunął projekt przeniesienia domu formacji do Kalisza, gdzie według niego kwitły studia. Idąc na bardzo szerokie ustępstwa, próbował za wszelką cenę przeforsować swoją propozycję. Nie chciał zlikwidować gnieźnieńskiego seminarium, ale wykorzystać Gniezno jako miejsce praktyki duszpasterskiej w katedrze, po odbyciu trzyletnich kaliskich studiów filozoficznych. Kapituła jednak zdecydowanie odrzuciła taką propozycję wykorzystując argument, że założycielowi seminarium gnieźnieńskiego chodziło nie tyle o gruntowne wykształcenie naukowe, ile o praktyczne przygotowanie do kapłaństwa przez służbę w katedrze. Odtąd arcybiskup nie powrócił już do tej sprawy, ale też nie przejawiał odtąd żadnego zainteresowania seminarium.
Od 1670 roku dostrzeżono nieznaczny wzrost powołań (w seminarium znajdowało się od 7-9 kleryków). Chciano przystąpić do naprawy zniszczeń wojennych, jednak przez 20 lat brakowało pieniędzy na remont gmachu seminaryjnego. Brak konserwacji prowadził do coraz gorszego stanu budynku. Dopiero w 1698 roku zaczęto kierować prośby o pomoc finansową do ówczesnego arcybiskupa Radziejowskiego. Niestety w tym czasie żaden poważny remont nie był przeprowadzony i zabudowania w 1700 roku uległy zupełnej ruinie. W czasie wojny północnej, z powodu prawie całkowitego zniszczenia, majątki nie dostarczały żadnych dochodów. Brak pieniędzy uniemożliwił ratowanie domu seminaryjnego jak również i utrzymanie stałej liczby kleryków. Kapituła zredukowała ich liczbę do dwóch, dalej podniosła do trzech, a od 1713 r. zgodziła się na czterech alumnów. Udzieliła również seminarium niezbędnej pomocy finansowej.
Wiek XVIII i piętno wojen
Próby podniesienia z upadku seminarium gnieźnieńskiego podjął arcybiskup Stanisław Szembek, który w 1718 dokonał jego reorganizacji. Pragnął on, by kapituła przez rok naprawiła cały gmach od fundamentów i by po roku mogło tam zamieszkać 12 kleryków i prefekt, zaś seminarium powierzył opiece Zgromadzeniu Misjonarzy św. Wincentego a Paulo. Z pomocą seminarium duchownemu przyszedł również w 1782 roku arcybiskup Antoni Kazimierz Ostrowski. Sfinansował on z własnych funduszów nowy, jednopiętrowy gmach. Budynek posiadał refektarz, salę wykładową i dwie salki oraz kaplicę Zwiastowania NMP.
W okresie zaborów rząd pruski podejmował próby zlikwidowania seminarium gnieźnieńskiego (1801, 1822). Dzięki protestom arcybiskupa Ignacego Krasickiego udało się uniknąć zamknięcia instytucji. Kolejny ordynariusz – arcybiskup Ignacy Antoni Raczyński w 1811 roku, w trosce o podniesienie poziomu wykształcenia kleru diecezjalnego, wprowadził obowiązek czteroletnich studiów seminaryjnych. Klęska Napoleona niosła za sobą podział terytorium Księstwa Warszawskiego. Prusacy rozpoczęli zagorzały atak mający zlikwidować archidiecezję gnieźnieńską. Doprowadziło to do usunięcia Księży Misjonarzy z Gniezna, po przeszło stuletniej pracy w seminarium gnieźnieńskim.
Unia personalna Gniezna i Poznania
Arcybiskup Marcin Dunin w 1835 roku nie zgodził się na zamknięcie seminarium gnieźnieńskiego. W celu wzmocnienia sił połączył seminaria diecezji gnieźnieńskiej i poznańskiej. Przebieg studiów w nim wyglądał następująco: po trzyletnim przygotowaniu teoretycznym w seminarium poznańskim, alumni udawali się na kurs praktyczny do seminarium gnieźnieńskiego, które otrzymało nazwę: Seminarium Clericorum Practicum. Ze względu na czas Kulturkampfu rząd pruski zamknął seminarium w 1875 roku. W tym czasie kandydaci do stanu duchownego udawali się na uniwersytety zagraniczne między innymi do Rzymu, Innsbrucku czy Münster. Po 11 latach na mocy ustawy wydanej przez rząd pruski z 21 V 1886 roku o zezwoleniu na reaktywowanie seminariów funkcjonujących przed 1873 rokiem zostaje ponownie otwarte praktyczne seminarium gnieźnieńskie. Opierało się ono na regulaminie zatwierdzonym przez Prymasa Juliusa Dindera.
Okres I wojny światowej nie przyniósł zahamowania działalności seminarium gnieźnieńskiego. Funkcjonowało ono bez większych zmian do 1927 roku. Ówczesny kardynał Edmund Dalbor swoją władzę przekazał seminaryjnym moderatorom, pozostawiając sobie prawo do nominacji rektora, wykładowców i członków komisji do spraw zarządu majątkiem seminaryjnym oraz komisji do spraw wychowania i dyscypliny. Do istniejącego gmachu dobudowane zostało trzecie piętro oraz dwa boczne skrzydła, skąd gmach planowo przeznaczony był dla 120 kleryków i sześciu moderatorów. W 1928 kardynał August Hlond przeprowadził reorganizację studiów seminaryjnych i przeniósł do Gniezna dwuletnie studium filozofii, zaś do Poznania studium teologii, które od 1933 roku wydłużone zostało do lat czterech. W ten sposób czas studiów wydłużony został do sześciu lat. Kardynał Hlond przywiązywał też olbrzymią wagę do odpowiedniego poziomu duchowego i intelektualnego seminarium gnieźnieńskiego. Angażował się osobiście w opracowywanie projektu statutów seminariów – wymaganych przez Kodeks Prawa Kanonicznego. Żywo interesował się życiem i problemami seminarium; sam określał czas trwania wakacji i okresowych przerw w nauce, decydował o zmianach w programie studiów i kilka razy w roku osobiście odwiedzał seminarium. Podejmował szereg starań w celu stworzenia z seminarium gnieźnieńskiego i poznańskiego akademii kościelnej, która posiadałaby prawo nadawania stopni licencjackich i doktorskich. Niestety zarówno w realizacji tego projektu, jak i w planach założenia w roku szkolnym 1939/40 niższego seminarium duchownego przeszkodził wybuch II wojny światowej.
Okrucieństwo wojny i Polska Ludowa
W 1938 r. poczet alumnów wynosił w Gnieźnie 66 osób. W latach 1939-1945 w seminarium w Gnieźnie nie prowadzono formacji dla przyszłych księży. Zajęty przez Niemców gmach uczelni służył początkowo jako szpital wojskowy, a następnie, przejęty przez Schutzpolizei, jako pierwsza w Kraju Warty szkoła policyjna dla Volksdeutschów. Tu po przyśpieszonym czteromiesięcznym kursie wychodzili komendanci posterunków policyjnych. Cały gmach został przebudowany na wzór niemieckich koszar, przez co zniszczono zabytkowe elementy wnętrz. Do budowy placu ćwiczeń używany był gruz ze zburzonej w pierwszym tygodniu okupacji synagogi żydowskiej. Cały księgozbiór biblioteki natomiast wywieziono do kościoła św. Michała w Poznaniu. Po zakończeniu wojny bardzo szybko reaktywowane zostały studia seminaryjne. Klerycy, którym wojna przerwała formację, mogli ukończyć ją w trybie przyspieszonym. Pierwsze święcenia kapłańskie miały miejsce 15 lipca 1945 roku, gdy w Bazylice Prymasowskiej wyświęcono czterech diakonów. W latach 1945-1947, w związku ze zniszczeniem budynku seminarium poznańskiego wszyscy klerycy archidiecezji poznańskiej odbywali formację w Gnieźnie. Od 1948 roku powrócono do przedwojennego modelu studiów filozoficznych w Gnieźnie i teologicznych w Poznaniu. W 1949 decyzją arcybiskupa Stefana Wyszyńskiego otwarte zostało w Gnieźnie niższe seminarium duchowne, które mieściło się w konwikcie, znajdującym się w pobliżu gmachu seminarium.
W 1953 roku Kardynał Stefan Wyszyński przywrócił cały sześcioletni program studiów w Gnieźnie, zaś rok akademicki 1953/54 był pierwszym od wielu lat oddzielnym rokiem, dla archidiecezji gnieźnieńskiej i poznańskiej. Od tego roku nadano również nazwę uczelni – Prymasowskie Wyższe Seminarium Duchowne w Gnieźnie. Dnia 7 września 1974 roku prymas Wyszyński dla celów dydaktyczno-duszpasterskich przyznał seminarium gnieźnieńskiemu kościół kolegiacki pw. św. Jerzego, nad którym dotychczas sprawował proboszcz parafii archikatedralnej.
W seminarium gnieźnieńskim w roku akademickim 1955/1956 w szczytowym momencie na VI rocznikach naukę odbywało 217 kleryków, z czego 3 pochodziło z diecezji gdańskiej. Oprócz wspomnianych kleryków gdańskich, w gnieźnieńskim seminarium naukę pobierali również inni klerycy. W latach 1953-1955 na przedmioty filozoficzne przybywało ok. 40 kleryków z zakonu franciszkanów konwentualnych. W latach 60. w ścisłej tajemnicy możliwość formacji mieli klerycy obrządku greko-katolickiego. W latach 70. swoją formację odbywało również kilkunastu kleryków diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej. Ze względu na znaczącą liczbę alumnów, dnia 12 września 1979 roku Kardynał Wyszyński wydał zgodę na budowę nowego gmachu seminarium, mającego zapewnić lepsze warunki mieszkaniowe. 15 listopada 1982 roku Prymas Polski Józef Glemp wmurował kamień węgielny pod budowę nowego gmachu seminaryjnego. Pierwsi klerycy wprowadzili się do nowej części seminarium w roku 1987, a budowę zakończono w 1990 roku. 4 października 1990 roku kardynał Józef Glemp dokonał uroczystego poświęcenia nowego gmachu seminaryjnego.
Czasy współczesne
Od 1 listopada 1998 Papieski Wydział Teologiczny, pod który należało Prymasowskie Wyższe Seminarium Duchowne, na mocy ustawy zawartej pomiędzy Konferencją Episkopatu Polski a Rządem Rzeczypospolitej Polskiej został włączony w struktury Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, tworząc Wydział Teologiczny. 16 listopada 2002 cała wspólnota świętowała jubileusz 400-lecia Prymasowskiego Wyższego Seminarium Duchownego w Gnieźnie. Przełom XX i XXI wieku to czas wielu zmian administracyjnych Kościoła w Polsce. Wtedy to archidiecezja utraciła te tereny, które w 1992 roku weszły w skład diecezji kaliskiej oraz w 2004 roku, gdy powstała diecezja bydgoska. Od tego czasu liczba kleryków znacząco spadła. W tym czasie nie zapomniano również o pracach remontowych w seminarium. W 2005 roku w starym gmachu powstała kaplica pw. Błogosławionych Męczenników II wojny światowej. W 2015 roku rozpoczęto dwuletni remont generalny starego gmachu. Który został przystosowany do zamieszkania dla 56 kleryków i 5 moderatorów. Ze względu na malejącą liczbę kleryków, będącą powszechną tendencją w skali kraju, 1 października 2016 roku decyzją Prymasa Wojciecha Polaka powołano Centrum Edukacyjno-Formacyjnego, którego siedzibą stał się gmach seminaryjny pobudowany w latach 80. zaś seminarium powróciło w pełni do starego gmachu.
W myśl nowych zasad formacji do kapłaństwa Prymas Polski z dniem 2 lutego 2018 roku zdecydował o rozszerzeniu formacji w seminarium o rok propedeutyczny. Pierwszy rok propedeutyczny rozpoczął funkcjonowanie wraz z rokiem akademickim 2019/2020 w murach dawnego klasztorze w Markowicach. Ze względu na małą liczbę chętnych etap propedeutyczny w roku 2020/2021 miał miejsce w murach PWSD, zaś od roku 2021/2022 odbywa się on w byłym seminarium kaliskim gdzie obecnie formują się klerycy również z archidiecezji poznańskiej, diecezji kaliskiej oraz bydgoskiej.
Od roku akademickiego 2023/2024 klerycy archidiecezji gnieźnieńskiej rozpoczęli formację w seminarium poznańskim wraz z klerykami wyżej wspomnianych diecezji.